oligoseeker.exe

Устаревшая версия 1.0:

• поиск произвольного паттерна
• поиск с реверсией запроса
• поиск гРНК
• графическое представление результатов

oligoseeker.exe
(v 1.2.3!)

Новая версия OligoSeeker!

всё тоже самое, а также:

• хранение 10 последних поисковых запросов
• подсказка по обозначениям вырожденных нуклеотидов
• возможность поиска с n неспаренными позициями
• поддержка Drag-n-Drop приема RAW-файлов

Версия 1.2.1 обновилась до 1.2.3!

Исправления:

• Теперь легче найти подсказку (нажать на синюю полоску внизу окна)
• Если на вашей машине возникает проблема с панелью подсказки (она не убирается на место, закрывая элементы управления программы), нажмите правой кнопкой мыши, в контекстном меню выберите "Kill this panel".

OligoSeeker

v 1.0.0 (Краткое руководство)

Поиск произвольного паттерна в последовательности нуклеотидов. Программа способна также искать гРНК. Задавать паттерн можно, используя принятые обозначения для вырожденных нуклеотидов (B,H,D,Y,W,K...) помимо стандартных A,G,T,C. X обозначает любой нуклеотид. Например, программа может искать "AGXXGCT" или "GCGCWWK". Предусмотрен поиск по прямой и обратной комплементарной цепям (то есть, по полной молекуле), а также поиск перевернутого (reversed)  запроса (то есть, не только "AGXXGCT", но и сразу же "TCGXXGA"). Такая процедура удобна при поиске и картировании повторов, поиске гРНК.

Версия 1.0 включает наборы из двух правил поиска: для стандартного паттерна и для поиска генов предполагаемых гРНК.

Вставьте в текстовое поле программы последовательность нуклеотидов, в которой требуется выполнить поиск паттерна. Например, из GenBank(TM).

Для этого проще всего выбрать ссылку "FASTA" (обведена красным) и скопировать нуклеотидную последовательность из окна вашего браузера.

После этого введите паттерн.

Смените правила поиска на gRNA, если вы ищите гРНК. В других случаях ничего делать не требуется.

Нажмите "GO" и ждите:

Окно результатов появится как только так сразу. Ожидаение зависит от длины паттерна и длины целевой последовательности. Результаты будут представлены следующим образом:

Условная схема показывает расположение найденных совпадений на условной молекуле ДНК (состоящей из целевой последовательности в 5' - 3' ориентации и обратной комплементарной к ней последовательности в 3' - 5').

Текст поясняет точную позицию начала совпадения и точное место совпадения в целевой последовательности, отвечающее искомому паттерну.

Результаты можно сохранить, дважды нажав на картинку (или на текст).